Διατμηματικά Προγράμματα
1) 'Οπως προαναφέρθηκε, το κύριο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα του Τμήματος Μαθηματικών είναι πλέον διατμηματικό (διοργανούμενο από κοινού με το Τμήμα Εφαρμοσμένων Μαθηματικών), αρχής γενομένης από το ακαδημαϊκό έτος 2001-2002.
2) Tα Τμήματα Ιατρικής, Μαθηματικών, Φυσικής και Επιστήμης και Τεχνολογίας Υλικών του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνουν και λειτουργούν εκ παραλλήλου και ένα άλλο, κοινό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην «Οπτική και Όραση» (ΠΜΣ/ΟΠΤΟΡ) από το ακαδημαϊκό έτος 2003-2004. Το Τμήμα Ιατρικής έχει τη διοικητική και οικονομική υποστήριξη του εν λόγω προγράμματος.
Το πρόγραμμα λειτουργεί σε στενή συνεργασία με τα Ινστιτούτα Υπολογιστικών Μαθηματικών (Ι.Υ.Μ.) και Ηλεκτρονικής Δομής και Λέιζερ (Ι.Η.Δ.Λ.) του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας (Ι.Τ.Ε.) καθώς και με την Πανεπιστημιακή Οφθαλμολογική Κλινική του ΠΑΓΝΗ.